Unter Linux gibt es ein einfaches Konsolenprogramm namens “pdftk”, mit dem man ganz einfach aus zwei oder mehr pdf-Dateien eine einzige Datei machen kann.

Es ist eigentlich in den Repositories aller Distributionen enthalten.
Hier als Beispiel die Kommandozeile zur Installation unter Ubuntu:

sudo apt-get install pdftk

Jetzt noch ein Beispiel zur Verwendung:
Angenommen, wir haben zwei pdf-Dateien namens “Datei1.pdf” und “Datei2.pdf”, die wir in dieser Reihenfolge in der Datei “BeideDateien.pdf” zusammenführen möchten.
Das erledigt ein einziger Befehl:

pdftk Datei1.pdf Datei2.pdf cat output BeideDateien.pdf

Das Programm kann auch eine pdf-Datei in mehrere Dateien aufspalten und noch vieles mehr.
Es kann auch gut mit passwort-geschützten Dateien umgehen.

Beispielkommandos für alle möglichen Anwendungsfälle erhält man durch Eingabe von:

pdftk --help

Herzlichen Dank an "Netzonaut" für den Hinweis, auch mir wurde so der Abend gerettet!